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波多野吉在十里墩动物群中，原始长鼻三趾马比共生的桑氏垂鼻三趾马和平齿西瓦三趾马更能适应干旱开阔的环境，而后两者的生态位基本重叠，食性上比前者摄入更多叶片。到了更新世，三趾马族在全世界范围内急剧衰落，东亚地区仅剩2种，原始长鼻三趾马的直系后代中国长鼻三趾马就是其中之一；而在龙担动物群中，中国长鼻三趾马也同样占据最开阔的生态环境，食性方面则比共生的大型真马埃氏马摄入更多的粗糙草类资源。

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